論文

1. Oveisi, M., Shukla, M., Seymen, N., Ohno, M., Taniguchi, Y., Nahata, S., Loos, R., Mufti, G. J., Allshire, R. C., Dimitrov, S., Karimi, M. M. “iNucs: inter-nucleosome interactions”, Bioinformatics, btab698 (2021)
2. Ohno, M., Ando, T., Priest, D. G., Taniguchi, Y. “Hi-CO: 3D genome structure analysis with nucleosome resolution”, Nature Protocols  16, 3439–3469 (2021)
   ※プレスリリースを実施（京大・理研）
   ・「最も詳細な解像度でゲノムDNAの３次元構造を導く技術」・2021年6月1日付
3. Shinkai, S., Nakagawa, M., Sugawara, T., Togashi, Y., Ochiai, H., Nakato, R., Taniguchi, Y., Onami, S. “PHi-C: deciphering Hi-C data into polymer dynamics“, NAR Genomics and Bioinformatics, 2, lqaa020 (2020)  
   ※プレスリリースを実施（理研）
   ・「ゲノムの動きをシミュレーションする新手法」・2020年8月7日付
4. Kumar, V., Leclerc, S., Taniguchi, Y. “BHi-Cect: A top-down algorithm for identifying the multi-scale hierarchical structure of chromosomes”, Nucleic Acids Research, 48, e26 (2020)
   ※プレスリリースを実施（理研）
   ・「機械学習によるゲノム構造の特徴抽出」・2020年2月3日付
5. Leclerc, S., Arntz, Y., Taniguchi, Y. “Proteome-wide quantification of labeling homogeneity at the single molecule level”, Journal of Visualized Experiments  146, e59199 (2019)
6. Yoshida, Y., Taniguchi, Y. “Simultaneous single-cell measurements demonstrate a positive correlation between RNA copy number for mitochondrial division and fusion genes and mitochondrial fragmentation”, Cytologia  84, 15-23 (2019)

   ※雑誌表紙に採択

7. Yoshida, Y., Taniguchi, Y. “Simultaneous measurements of RNA molecules transcribed from mitochondrial division or fusion genes in single cells”, Cytologia  84, 1-2 (2019)
8. Ohno, M., Ando, T., Priest, D. G., Kumar, V., Yoshida, Y., Taniguchi, Y. “Sub-nucleosomal genome structure reveals distinct nucleosome folding motifs”, Cell  176, 520-534 (2019)

   ※雑誌表紙に採択

   ※国際科学誌１誌に解説記事が掲載
   ・ Risca, Viviana, I. “Nucleosome orientation map finds two new chromatin folding motifs”, Cell (2019)

   ※国内メディア４件に解説記事が掲載
   ・「立体的な構造を詳細解析」時事ドットコムニュース・2019年1月18日付
   ・「DNA立体構造・詳細な分析手法」日本経済新聞・2019年1月21日付・朝刊11面
   ・「理研、ひも状DNAの立体構造を詳細解析」・日刊工業新聞・1月21日付
   ・「ヌクレオソーム3次元構造解析」化学工業日報・2019年2月15日付・朝刊13面

   ※プレスリリースを実施（理研・JST合同）
   ・「世界最高分解能で全ゲノムの3次元構造を解明－ゲノムの基本構造単位の発見－」・2019年1月18日付

9. Leclerc, S., Arntz, Y., Taniguchi, Y. “Extending single molecule imaging to proteome analysis by quantitation of fluorescent labeling homogeneity in complex protein samples”, Bioconjugate Chemistry  29, 2541-2549 (2018)
   ※プレスリリースを実施（理研）
   ・「細胞中のタンパク質を全部光らせる」・2018年7月31日付
10. Ohno, M., Priest, D.G., Taniguchi, Y. “Nucleosome-level 3D organization of the genome”, Biochemical Society Transactions  46, 491-501 (2018)

    ※雑誌表紙に採択

11. Priest, D.G., Tanaka, N., Tanaka, Y., Taniguchi, Y. “Micro-patterned agarose gel devices for single-cell high-throughput microscopy of E. coli cells”, Scientific Reports 7 17750 (2017)
    ※プレスリリースを実施（理研）
    ・「細胞個性をハイスループット解析－大腸菌を一細胞ずつ大量・高速に解析－」・2017年12月21日付
12. Taniguchi, Y. “Autofluorescence imaging of tissue samples using super-high sensitivity fluorescence microscopy”, Global Imaging Insights 2, 1-2 (2017)
13. Taniguchi, Y. “Genome-wide analysis of protein and mRNA copy numbers in single Escherichia coli cells with single-molecule sensitivity”, Methods in Mol. Biol.  1346, 55-67 (2015)
14. Ohno, M., Karagiannis, P., Taniguchi, Y. “Protein expression analyses at the single cell level”, Molecules  19, 13932-13947 (2014)
15.  Taniguchi, Y., Choi, P. J., Li, G., Chen, H., Babu, M., Hearn, J., Emili, A., Xie, X. S. “Quantifying E. coli proteome and transcriptome with single-molecule sensitivity in single cells”, Science  329, 533-538 (2010)

    ※国際科学誌３誌に解説記事が掲載
    ・Tyagi, Sanjay “E. coli, What a noisy bug” Science  329, 518-519 (2010)
    ・Evanko, Daniel “Single molecules meet systems biology”, Nature Methods  7, 672 (2010)
    ・Peng, Wayne “Trends in biotech literature 2011”, Nature Biotechnology  30, 910 (2012)

    ※海外メディア５件に解説記事が掲載
    ・Dickey, Gwyneth “Noisy bacteria” ScienceNews (2010)
    ・Day, Charles “The noisy expression of genes into proteins” Physics Today (2010)
    ・Scudellari, Megan “’Identical’ cells? Not so much” The Scientist.com (2010)
    ・Anderson, Andrea “Study: Lack of correlation between messenger RNA, protein product levels in single E. coli cells” GenomeWeb News (2010)
    ・Arnaud, Celia Henry “Proteomics: Single-molecule methods quantify bacterium’s proteome” Chemical & Engineering News 88, 15 (2010)

16. Taniguchi, Y., Yanagida, T. “The forward and backward stepping processes of kinesin are gated by ATP binding”, Biophysics  4, 11-18 (2008)
17. Ishii, Y., Taniguchi, Y., Iwaki, M., Yanagida, T. “Thermal fluctuations biased for directional motion in molecular motors”, Biosystems  93, 34-38 (2008)
18. Taniguchi, Y., Karagiannis, P., Nishiyama, M., Ishii, Y., Yanagida, T. “Single molecule thermodynamics in biological motors”, Biosystems  88, 283-292 (2007)
19. Taniguchi, Y. “Entropy rectifies the Brownian steps of kinesin”, Annual Report of Osaka University  7, 47 (2006)
20. Taniguchi, Y., Nishiyama, M., Ishii, Y., Yanagida, T. “Entropy rectifies the Brownian steps of kinesin”, Nature Chemical Biology  1, 342-347 (2005)

    ※国際科学誌１誌に解説記事が掲載
    ・Amos, Linda A. “Molecular motors: rocking and rolling.” Nature Chemical Biology  1, 319 (2005).

    ※国内科学誌１誌に解説記事が掲載
    ・「熱ノイズを巧みに利用して歩くタンパク質」化学・2006年6月号・65-66ページ

    ※国内メディア２件に解説記事が掲載
    ・「たんぱく質動く仕組み解明」日本経済新聞・2005年10月10日付・朝刊19面
    ・「たんぱく質　第Ⅳ部3・ノイズ利用し”歩く”」読売新聞・2005年10月26日付・朝刊28面

21. Nishiyama, M., Higuchi, H., Ishii, Y., Taniguchi, Y., Yanagida, T. “Single molecule processes on the stepwise movement of ATP-driven molecular motors”, Biosystems  71, 145-156 (2003)
22. Ishii, Y., Komori, Y., Okada, T., Iwaki, M., Taniguchi, Y., Yanagida, T. “Detection of thermal processes of protein function”, Single molecules  3, 149-153 (2002)

著書

1. Kumar, V., Leclerc, S., Taniguchi, Y. 「Single molecule detection in the study of gene expression」, Single-Molecule Science (eds. Appasani, K. and Appasani, R. K.), Cambridge University Press, p127-141, 2022年5月
2. 谷口雄一、大野雅恵「単一細胞レベル解析の新技術」月刊細胞 2020年11月号、ニュー・サイエンス社、p19-23、2020年10月
3. 谷口雄一、大野雅恵「ゲノムの３次元高次分子構造を解く」生物物理 59、日本生物物理学会、p305-309、2019年11月
4. Taniguchi, Y.「Thinking small numbers: When, where, and how many molecules there are in the cell」Minorities and small numbers from molecules to organisms in biology (eds. Nagai, T., Togashi, Y.)、Springer、p93-98、2018年11月
5. 谷口雄一「遺伝子発現の定量生物学」定量生物学（小林徹也編）、化学同人、p6-20、2018年8月
6. 谷口雄一「少数により成り立つ細胞社会」少数性生物学（永井健治、富樫祐一著）、日本評論社、p111-118、2017年3月
7. 大野雅恵、谷口雄一「ゆらぎ・ばらつきの諸問題」シングルセル解析プロトコール（菅野純夫編）、羊土社、p73-79、2017年10月
8. 吉田大和、谷口雄一「多階層シングルセルオミクス解析」シングルセル解析プロトコール（菅野純夫編）、羊土社、p296-301、2017年10月
9. 谷口雄一「１分子蛍光顕微鏡による１細胞内遺伝子発現の可視化」顕微鏡 50、（公社）日本顕微鏡学会、p81-85、2015年9月
10. 谷口雄一「１細胞遺伝子発現動態のゲノムワイド解析とモデル化」細胞工学34、学研メディカル秀潤社、p251-257、2015年2月
11. 谷口雄一「細菌の意思決定」パリティ29、丸善、p12-21、2014年10月
12. 谷口雄一「１細胞遺伝子発現解析」生体の化学65、医学書院、p410-411、2014年9月
13. 谷口雄一「転写翻訳１細胞定量測定」、１分子ナノバイオ計測（野地博行編）、化学同人、p170-179、2014年6月
14. 谷口雄一「単一細胞レベルでの遺伝子発現の多様性」日本微生物生態学会誌 29、日本微生物生態学会、p3-8、2014年3月
15. 谷口雄一「遺伝子発現のロバストネス」細胞工学33、学研メディカル秀潤社、p13-18、2014年1月
16. 谷口雄一「細胞内遺伝子発現の１分子計測」現代化学488、東京化学同人、p44-45、2011年10月
17. 谷口雄一「単一生細胞における遺伝子発現の網羅的な１分子解析」生物物理 51、日本生物物理学会、p136-137、2011年6月
18. 谷口雄一「１細胞内の確率論的な遺伝子発現をモデル化する」実験医学増刊29、羊土社、p117-123、2011年4月
19. 谷口雄一「１分子・１細胞網羅的遺伝子発現解析」Protein Community 7、特定領域「タンパク質の社会」、p16-19、2011年3月
20. 谷口雄一「単一の生細胞におけるプロテオームとトランスクリプトームとを単一分子検出感度で定量化する」ライフサイエンス新着論文レビュー、ライフサイエンス統合データベースセンター、2010年9月

特許